李茂拟将清海军分为四营一队，任李昹为左营主将，陈万春为右营主将，夏纯为城防营主将，李英昙兼领虞侯军（队），由他自己亲自兼任中军营主将，李师古回复同意。至于各营内部怎么配置则是李茂的权力范围。

四营中，中军营保留十个队的编制，每队五十人；左、右两营每营保留两个队的编制，每队五十人；城防营下辖二十队，每队十人；虞侯军下辖十队，每队十二人。

孤山镇缺马，于化隆时代建有一都马军，后因马匹不足砍为一队，李茂将这一队马军砍掉，马匹统统调配给捉生军。捉生军和虞侯军一样，说是军，实际只有一个队的规模，本来每营都设有捉生军，但因左右两营编制被极大压缩，现在只有中军营设有捉生军。

朱振远临走时送给李茂两份大礼，一是把累年积攒下来的价值不菲的三十八套鲨鱼皮盔甲留给了李茂，一是把捉生军骨干统统留给了李茂。他的理由是捉生军到郓州后将失去用武之地，这些百战余生的军中精锐从此将告别战场，在大后方的酒肆、妓馆里混吃等死，这对他们来说无疑是件极其残忍的事。

李茂以捉生将黄仁凡和三十名骨干为基础将捉生军的规模扩充了两倍，那三十八套珍贵的鲨鱼皮盔甲李茂只留了十二套给亲兵，其余的尽数调拨给捉生军使用。

随着“骷髅面”的覆灭，清海军最后一支水军也成了历史，孤山镇东临草湖，在丰水季草湖阔达数百平方公里，即使枯水期属于草湖的湖面也有十几个平方公里，此外以草湖为中心，连接着十几条河流，这些河流大多数都可以常年通航，以这些河流组成的水道四通八达，覆盖着曹、兖、濮、郓四州之地，这么广大的区域没有水军掌控，李茂以为十分不妥，重建清海军水军刻不容缓。

海盗窝里建水军，最不缺的就是人才，只是未得郓州批准，李茂一开始没敢把摊子铺的太大，水军暂时挂靠在中军营下，编制只有一个队，“骷髅面”拥有战舰四艘，只用于维护城东水道秩序，李茂拨款新造十艘兵舰，除了维护城东水面秩序，更要打击威胁水道安全的水盗劫匪，并协助马步军控制整个草湖周边地区。

经历了兵变的残酷，李茂有足够的动力去组建一支完全听命于自己的亲兵队，兵员主要是原城防营的虞侯队和四面街侦缉处的部分骨干，在主将人选上李茂起初是打算任用张栓，张栓则建议李茂重用青墨，以青墨的能力做亲兵队头，李茂是放心的，李茂不放心的是他的略显轻佻浮躁的性格，深思熟虑后，李茂决定破格擢拔摩岢神通做亲兵队头，而将青墨任命为军院巡官。

幕府官员虽无品阶，却也有高下之分，一般而言副使、行军司马、判官为上佐，掌书记、参谋、支使等次之，推官、巡官为下佐。巡官是为幕府正职中的末职，但比之随身（军）、孔目官、要籍等卑官佐职又要高的多，其职掌很杂，常无固定职掌。青墨对这个任命也很满意，做亲兵队头固然威风，却不得自由，这会让他受不了。

李茂接受青墨的推荐，正式起用郑孝章为军院参谋，聘胡南湘为军院要籍，掌图籍、文墨等事，兼理军院小金库。

升马和东为中军马军主将，与左营主将李昹、右营主将陈万春、中军步军主将张琦并称军院四大将，四人排位分别为左一将、右二将、左三将、右四将。夏纯以城局使兼城防营正将，排位左五将，调陈兰为营造将，排位右六将，中军押营将张栓排位左七将，中军捉生将黄仁凡排位右八将，中军水军统领薛老将排位左九将，诸军刀牌教练殷著排位右十将。

以上十人皆称正将，其余副将、子将各有二十人。从军制上说镇扼使的级别与军下所属营主将相等，李茂因带有清海军副使衔，比一般营主将要高出半个级别，镇军所属的营主将虽然也称主将，但此主将的级别却比清海军的营主将低了一等。

李昹和陈万春在于化隆时代即为营主将，现在依旧为营主将，级别却低了一等，为示安抚二人同挂清海军散都虞侯衔。

至此李茂以节度押衙、清海军兵马副使身份兼任孤山镇镇扼使和中军营主将，李昹、陈万春以清海军散都虞侯身份兼任孤山镇左右营主将。李茂又聘张琦、郑和东为副使，文书丞为行军司马，肖成礼为判官，李英昙为都虞侯。肖成礼又以判官身份兼摄军料院使。原清海军监军院判官周弘升任监军使后，常驻孤山镇，另设分院在郓州监军。