日军大本营原本就为巴丹的僵局有些不满，得悉麦克阿瑟大胆脱逃后更加不快。大本营对于本间雅晴所说的不需要增援也有能力迅速取胜的话产生了怀疑，近卫文磨派他的秘书官西浦进大佐前往大本营与梅津美治郎大将会谈，转达他对巴丹战事的不满。

梅津美治郎大将对于本间雅晴在巴丹岛上的行动也很不满，随即召集参谋本部的一部分高级参谋商讨此事。经过研究，参谋本部绝大多数军官都认为巴丹防卫体制中被认为是最强的沙马特山实际上却是最薄弱的一环，沙马特山是美军防线中段紧后边的一座海拔一千九百二十英尺的陡峭山崖。只要大日本皇军攻占了这座山，那么美菲军队的整条防线就在掌握之中了。

所以，大本营的这些高级军官们认为，皇军首先应该对沙马特山正前方一段二英里半长的阵地集中进行轰炸和炮击，打开缺口，从那里用步兵发动总攻击，必要时甚至可以使用特种弹。

其次支那军队的增援，尤其是大批的物资输送也是美菲军没有崩溃的一个重要原因，再加上支那军队已经在满洲与帝国关东军开战，所以大日本皇军应该立即向支那陈锋的南洋领发动进攻，并且以南洋领作为跳板进攻澳洲。

只要攻占了南洋领和澳洲，大日本帝国基本上等于赢得了这场战争，以后即便美英军队反攻，帝国也完全可以立于不败之地。

但是梅津美治郎大将听完参谋本部的商讨结果，虽然同意命令本间雅晴集中兵力进攻沙马特山，但是却不同意向南洋领发动全面进攻，至于原因吗，很简单，大日本帝国现在正在向缅甸的英缅军发动最为凌厉的一击，而支那政府军却在云南进行大规模集结，据可靠情报显示，这次支那政府军不会少于15万，这对于皇军来说是一次不小的考验，因此大本营认为应该先集中兵力对于英缅军和支那政府军，而不是向陈锋的领地发动进攻。

另外，根据南洋领主岛新几内亚岛上进行潜伏破坏的情报人员发来的情报显示，陈锋所部在岛上的武装力量很强，初步估计皇军至少的投入5个以上的步兵师团以及两支分舰队才能与支那军队抗衡，如果想要取得全面的胜利，则需要更多的部队。

南方军正忙于接收新地盘以及恢复新占地盘的生产，根本没有太多的兵力投入对陈锋领地的进攻。况且对于陈锋，帝国特高科已经有了详细的计划，现在正在酝酿之中，完全不必急于一时。

全面进攻是不可能了，但是梅津美治郎大将却同意对巴丹附近的支那船只军舰进行扫荡式突袭，以阻止支那军队向巴丹的美菲军队投送给养和物资。

大本营的命令很快就到达了本间雅晴的指挥部，本间一看到计划，就相信这是解决长期以来折磨他的问题的好办法，立即命令部队着手组织这次战役。然而本间雅晴却不知道，就在此时美菲军内部指挥层发生了巨大的分歧。

麦克阿瑟撤退之后，温赖特在科雷吉多尔建立了新的司令部。陆军部已晋升他为中将，委他担任驻菲律宾全体美军总司令。

但是这件事事前并未与麦克阿瑟商量，因为华盛顿方面了解麦克阿瑟的性格，知道他决不会同意这样的决定，因为他要想在澳大利亚指挥菲律宾群岛的全局。况且麦克阿瑟私下认为温赖特当总司令还不够资格。

所以，当这位新上任的总司令温赖特中将电告华盛顿必须在10月15日前把军队所需的部分重武器运到，尤其是防空武器，否则他的部队就会因为重武器以及防空武器的缺乏二倍日军的飞机大炮轰成碎片。

温赖特中将的这封电报引起了麦克阿瑟的强烈反应，他给马歇尔发了一封简短的电报：“自我离开后，抵抗的毅力当然可能也有所松懈，温赖特没有能力担任菲律宾总司令。”

在巴丹的菲律宾军人的心目中，麦克阿瑟依然是当代最伟大的人物，他要重回菲律宾的誓言不啻是他本人对解救他们国家的保证。

9月30日，就在中国战场上第八战区的机械化大军对东北的日伪军展开进攻的同一时间，夜幕降临时，五万日军包括从本土新开到的一万五千人在内，已经集结待命，准备大举进攻。在他们后边，三百五十门大炮、榴弹炮和迫击炮以及许多从香港运来的巨炮都将炮口对准了巴丹美军主要阵地沙马特山——准备举行这次战役开始以来最猛烈的炮击。